La basilica viene costruita alla fine del IV sec. d.C. per dotare rapidamente Concordia Sagittaria, prima di Aquileia, di un edificio in grado di ospitare le reliquie degli Apostoli Andrea e Tommaso, di San Giovanni Battista, di San Luca e San Giovanni Evangelista. La velocità dell’esecuzione si tradusse nella realizzazione di una chiesa, molto semplice e spoglia, abbellita a più riprese nel corso del V-VI sec. d.C. da interventi strutturali (aggiunta dell’atrio, realizzazione di un’abside semicircolare con ambienti di servizio laterali) e decorativi (nuove pavimentazione in mosaico ed arredi architettonici). Contestualmente a questi interventi di “monumentalizzazione”, sorge accanto alla basilica, forse agli inizi del V sec. d.C., un edificio più piccolo con terminazione a tre absidi (trichora), in seguito ingrandito con la copertura dello spazio antistante del cortile e l’aggiunta di un atrio porticato in cui trovano spazio numerose sepolture.